O então chefe do SIF em Uberaba foi preso em outubro de 2007 junto com duas dezenas de pessoas, durante operação da Polícia Federal, denominada “Ouro Branco”, desencadeada a partir de denúncia de um ex-funcionário da cooperativa de leite afirmando que o leite UHT recebia adição de produtos químicos. Em razão do ocorrido naquela operação, em que fora acusado de não fiscalizar a cooperativa de leite, o então chefe do Serviço de Inspeção Federal, acabou ficando preso por cindo dias, bem como foi denunciado naquele mesmo ano em ação penal resultante do inquérito, denúncia esta do Ministério Público Federal, inclusive com pedido de bloqueio da conta bancária e dos bens do servidor, conforme queria o então procurador da República em Uberaba, Bruno Nominato.
Ainda sobre Afonso Antônio, ele foi o único a falar com a imprensa na madrugada em que deixou a prisão no dia 27 de outubro de 2007. Naquela oportunidade, ele foi taxativo ao afirmar que sua prisão foi ilegal e arbitrária. Justificando, Afonso explicou que, quando do início da operação naquela semana de outubro, por duas vezes ele esteve na cooperativa de leite para dar seu depoimento quanto aos fatos, bem como foi até a Delegacia da Polícia Federal, também por duas vezes, inclusive levando documentos para esclarecer, sem que fosse ouvido.